Bij het Gemeentemuseum Den Haag werken ongeveer 145 mensen die in dienst van het museum zijn. Daarnaast werkt het museum met meerdere bedrijven die in opdracht werkzaamheden verrichten. In 1999 is het museum verzelfstandigd en is overgegaan in een Stichting die wordt bestuurd door de directeur. Een Raad van Toezicht beoordeelt of het bestuur aan het museum op juiste en verantwoorde wijze richting en leiding geeft. Het museum heeft een organisatie die is opgedeeld in 4 sectoren: Collecties, Tentoonstellingen, Communicatie en Bedrijfsvoering.